Alle Schüler:innen der Friedrich-Wöhler-Schule lernen in jahrgansgemischten Gruppen. Die Kinder der ersten beiden Jahrgänge werden gemeinsam in Klassen der Stufe I unterrichtet. Schüler:innen der Jahrgänge 3 und 4 werden gemeinsam in Klassen der Stufe II unterrichtet.
Die Klassenlehrer:innen wechseln nicht mit in die nächste Stufe, sondern verweilen in der Lerngruppe. Die Kinder lernen ihre zukünftigen Klassenlehrer:innen in der Stufe I bereits als Fachlehrer:innen kennen. Beim Wechsel in die nächste Stufe unterrichtet die vorherige Lehrkraft ebenfalls ein Fach. So haben die Schüler:innen während ihrer Schulzeit, neben den Erzieher:innen aus dem Ganztag, mindestens zwei Bezugspersonen.
Die Dachse sind eine Kooperationsklasse mit dem regionalen Beratung- und Förderzentrum. Hier werden Schüler:innen nach dem ETEP-Programm (ETEP: Entwicklungstherapie/Entwicklungspädagogik) unterrichtet.
Immer eine Stufe I Klasse sowie eine Stufe II Klasse bilden zusammen ein Lernhaus.